蔣指派江西省主席魯滌平(Lu Diping)為第一次圍剿總司令，統(tǒng)帥十二個師進剿江西境內毛澤東的蘇區(qū)。戰(zhàn)役始于一九三○年秋天，但進入井岡山的國軍部隊幾近一半非死即降。此外，有位師長張輝瓚被俘，遭到斬首；它象征國共之戰(zhàn)和蔣與軍閥之沖突不同，是個你死我活的慘烈斗爭。一九三一年，蔣調何應欽和二十萬經驗豐富的馮玉祥部屬到江西展開第二次圍剿，但部隊水土不服，又被打敗。同時，汪精衛(wèi)和華南軍閥又在廣州另立一個國民政府和蔣打對臺。不過，此一政府暫時還未對蔣構成軍事威脅，因此蔣趕到南昌，親自指揮第三次圍剿。他在日記中自承：這是民國從未曾有的“艱巨時刻”。

七月一日，蔣動員十三萬精銳部隊，包括他的第一軍團(第一軍擴展而成)的幾個師，分兵兩路深入游擊隊區(qū)域。雙方激戰(zhàn)、互有嚴重傷亡，在最后一役中共紅軍投入的兩萬人折損五分之一。蔣已“勝利在望，不料沈陽事變爆發(fā)，打亂了圍剿作戰(zhàn)”。

這次新危機始于一九三一年夏天，張學良的東北軍抓到一名穿便服搜集情報的日本軍官，當他企圖逃跑時殺了他。日本極端國家主義派抓住此一事件興風作浪，相對溫和的東京內閣在民間壓力下公開要求“徹底解決”中國問題。同時，駐守旅順和南滿鐵路沿線的日本關東軍，其政治激進派軍官決定自己采取行動。一九三一年九月十八日夜里，他們在沈陽市郊引爆鐵路線，并向附近的中國兵營(即北大營)開炮。戰(zhàn)事因此爆發(fā)，日軍司令下令全面進攻。日軍攻占沈陽時，少帥急電南京請示。這一刻，蔣正在返回南京的軍艦上，行政院給少帥的答復是“自行妥善處理”。少帥以為南京當局也不曉得如何處理危機，遂下令東北軍撤退。

當時，日本在東北的兵力只有一萬人，張學良手下有二十萬勁旅。蔣介石過世多年之后，張學良有一次接受訪談，他自責錯估了日方意圖，以及攻擊開始就撤退。但是，日本在朝鮮有大批后備部隊，只需鐵路運送，而東北軍實則大多數在河北省。即使蔣介石回到南京，開始和張學良取得聯絡，他也沒有下令東北軍反攻，更沒有派中央軍增援。蔣早先曾賭過，若中國在東北強烈堅持主權，日本不會在該區(qū)域追求霸權。但是，在沈陽事變后的第一次軍事會議中，蔣強調在國內動蕩且準備不足之下，中國必須避免和日本爆發(fā)全面沖突。因此，實際上他又退回到一九二八年濟南事變之后的“臥薪嘗膽”策略，先姑息日本，同時努力致力國家統(tǒng)一，爭取時間培養(yǎng)足夠力量來抗擊日本皇軍。這個暫時姑息的政策持續(xù)了六年之久。

日軍迅速從沈陽推進，不戰(zhàn)即占領長春及東北其他城市。同時，蔣仍然試圖讓日本及全世界相信他真心準備對日一戰(zhàn)。他發(fā)動全國抵制日貨，公開宣示要派中央軍赴東北，和幕僚討論軍事動員，也討論要把首都和中國主力部隊遷移到西北。他認為這些動作可能警醒國際社會向日本施壓。他在南京頻頻會見西方高級外交官，蔣在交談中坦白承認，危機間接因為中方——事實上就是他本人——態(tài)度軟弱而起，但是他強調現在迫切需要堅定地和日本交涉。他說：“在任何情況下，中國都絕不向暴力威脅低頭，在日本軍隊撤離并恢復‘九一八’以前的狀態(tài)之前，中國也不會以任何形式進行談判。”事實上，南京會談判，但協(xié)議絕不會由中國政府最高階層批準。美國和西方列強只在言辭上表示支持，但不肯派觀察員或施援；同樣，國際聯盟也只派一個沒有力量的調查團(李頓調查團)來瞧瞧。

東京根本不介意口頭批評，還發(fā)出準備就緒甚且渴望擴大事端的信息，派出軍艦溯黃浦江深入，并在長江水域進行海軍演習。十月初，蔣慨嘆：“倭寇威脅之行，迄為殺止，實不知余為何如人也�？尚Γ�”一度他分別向張群和宋美齡表示，他決心放手一戰(zhàn)；她說，她會和他共生死。但是他又覺得中國“弱得不可能再弱了”。

對于政治積極的中國人而言，不肯對日作戰(zhàn)分明就是怯懦的表現。“九一八”事變一起，青年學生就涌上街頭示威，要求武裝抗日。有兩萬名學生在首都集會。其中，有一千名南京中央大學學生闖入蔣的外交部長王正廷的辦公室毆打他。在廣州的汪精衛(wèi)敵對陣營已經和南京瀕于交戰(zhàn)邊緣，此時呼吁全國團結，但蔣應下臺。

東北絕大多數城市已淪入日本控制，要侵略者和平撤走的機會越來越渺茫。事實上，蔣也認為日本人“寧可放棄扶桑三島，也不肯放棄東北”。但是他在日記里仍說，倉促交戰(zhàn)“非惟治國無益，而且反速其亡”。十月十五日，他寫下他要辭職，但旋即改變主意。十月中旬，他和宋美齡飛到上海，同汪精衛(wèi)、胡漢民會面。這兩位孫中山的忠實信徒早就決心趕走后起之秀蔣介石，現在又獲得希望削弱中央政府的軍閥之支持，他們指控蔣不抗日、搞獨裁。蔣寫下：“談話詆毀譏訕，未改舊態(tài)。”當中國政府撤出東北最后一些城市，而反蔣示威更加兇猛時，蔣又改變心意，向廣州方面表示，若為國家團結之需，要他下臺“不是問題”。

蔣一度寫下，他“痛恨”青年學生，但是他仍然向他們演講，甚至在凍人的天氣下告訴他們，要么回去上課，要么就從軍抗日�？墒�，動亂持續(xù)不斷。政府禁止一切示威活動，但是數以千計的學生主張對日抗戰(zhàn)，涌入首都，再次攻打政府高級官員。警方疲于奔命彈壓。情勢升高到失控的地步，外界批評又集中在蔣身上，他再度和左右親信討論引退的方案。蔣向一名官員透露心聲，如果不辭職，他就必須將全國置于軍事統(tǒng)治之下，由他本人擔任最高領袖，也就是一名獨裁者。他不肯考慮批評者要求的對日抗戰(zhàn)，因為他認為此時此際抗日將是一場災難。

在風暴不斷當中，蔣首次寫下他思念兒子經國的感情。他說：“邇來甚念經兒，中正不孝之罪，于此增重，心甚不安。”又說：“于國于黨為不忠，于母為不孝，于子為不慈，自覺愧怍無地。”這份感情很可能是因十二月初宋慶齡來訪而起。左傾的宋慶齡和蔣介石這位妹夫并不和洽，自一九二七年清黨之后就到莫斯科住了兩年。她顯然曾和莫斯科的權威人士交談過，才向蔣說如果他肯釋放被捕的共產國際代表牛蘭(Hilarie Naulen)及其妻子，莫斯科可以安排遣返蔣經國。

從蔣的日記來看，似乎宋美齡聽到宋慶齡的提議，力促丈夫接受�？墒�，蔣在日記中寫下，三十多萬官兵“猶親生扶長之子”死于革命，他怎能把個人需求置于國家利益之上。釋放人民之敵以換回自己兒子，根本不能考慮。

蔣決定不為兒子介入，即使動用很小的特權也不行，增添了他的在批評日熾之下產生的烈士意識。他可能認為再次下野，像一九二七年那次，會替他掙回已失去的道德權威，同時也許終能完全恢復其地位——雖然不是百分之百保證。因此，一九三一年十二月十五日，蔣介石辭去一切職務，次周即偕同夫人搭機離開南京。他們先降落在奉化附近的草地，再換汽車沿新辟的一條泥土路，搭轎回溪口。

和上次一九二七年下野一樣，蔣介石在一九三一至一九三二年的冬天于溪口賦閑，不久就接到黃埔系將領函電交馳，宣稱僅肯接受他的命令，又說自從他下野，就再也沒收到支付部隊糧餉的資金。政府主要歲入來源是關稅收入，東北一失，關稅流失占了全國海關總稅收的百分之十五。中央政府雖換由孫中山之子孫科領導，各省扣住鹽稅不肯上繳。工商組織、民間團體甚至一些青年社團現在疾呼總司令回任。蔣亦獲悉，莫斯科繼釋放蔣經國之計，又向南京提議恢復外交關系。蔣可以肯定斯大林企圖增強國民黨內反日派的聲勢，而又不明白蔣的真正立場。

一九三二年一月蔣在溪口武嶺學校的一篇演講，經上海等地報紙刊載。他重申政府“堅持不屈服，不訂損共國權之約”。但是，他也警告，鑒于當前國家實力和精神，不宜輕舉妄動，否則“戰(zhàn)敗之國未有不失地，未有不喪權者”，結果勢必“